目前已发现，即使使用反渗透膜清洗，如果设备产生的水减少了10%，如果盐渗透率增加了一倍，或者盐渗透率增加了一倍，或者压力增加了一倍，都是正常的。因此，除了定期清洗外，建议每次在反渗透装置的重水开始去除之前，先低压运行几分钟。
1、物理清洗方法
简易物理清洗方法是用低压大流量俗称的水洗膜30分钟，能在一定程度上恢复膜的透水性，但时间长了透水性就会降低，或者在低压水中用水与空气的混合液清洗膜表面15分钟。以这种方式清洗物质是有效的。
2、化学清洗方法
柠檬酸溶液，主要采用1%～2%柠檬酸溶液在高压低压连续或循环清洗膜中，Fe（oh）3污染具有良好的清洗效果。
2.柠檬酸铵溶液和柠檬酸溶液加入氨水或不同ph值溶液，或加入hcl到柠檬酸铵溶液，ph值可调至2-2.55。如果加入277g柠檬酸铵溶液到190l去离子水中，加入277g柠檬酸铵溶液到190l去离子水中，hcl溶液ph值可调至2.5，hcl溶液ph值可调至6h。如果在35-40℃至35-40℃的温度下加入溶液，清洗效果更好，清洗时间更长，但清洗时间更长。
3.在含酶洗涤剂中，用含酶洗涤剂处理膜对有机污染特别有效，特别是对蛋白质、油和其他有机污染。如果在50℃-60℃清洗效果较好，一般在运行10天或半个月后用1%含酶洗涤剂低压清洗膜。因所用含酶洗液浓度低，浸渍时间要求较长。
四、高浓度盐水能减少胶体相互作用，加速胶体颗粒的形成，因此用浓缩盐水清洗受污染膜更有效。
5.用来清洁油和氧化铁污染膜的水溶性乳剂基本上都能清洁30-60分钟。
6.过氧化氢溶液，例如0.5l,30%h2o2，用12l的去离子水稀释后，在清洗膜表面时，对有机污染更为有效。
7.次氯酸钠和甲醛溶液，针对细菌污染，根据不同的膜选择不同的处理方法。对于芳香族聚酰胺膜，可用1%(重量)甲醛溶液清洗。浓缩反渗透水中的余氯浓度经常被分析以防止细菌繁殖。
8.草酸和乙二胺四乙酸溶液用草酸和乙二胺四乙酸溶液冲洗，用于反渗透膜中金属氧化物的沉淀。
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